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Depuis une vingtaine d’année déjà, l’Etablissement s’implique dans des actions en faveur des poissons migrateurs, avec en particulier son engagement de 1995 pour la création de la salmoniculture du Haut-Allier. Dans le cadre du plan saumon de Loire-Allier, déclinaison spécifique du Plan de gestion des poissons migrateurs (PLAGEPOMI), l’Etablissement assure
depuis 2009 la maîtrise d’ouvrage de l’opération de repeuplement en saumons sauvages du bassin versant de la Loire et ses affluents. Cette action consiste à produire et déverser en divers lieux du bassin de la Loire des juvéniles de saumons dont le comportement se rapproche au maximum de celui de saumons sauvages nés dans le milieu naturel et en minimisant le risque de dénaturation génétique. Cette opération, financée par l’Europe (FEDER), l’Agence de l’eau Loire-Bretagne, EDF, la Fédération Nationale pour la Pêche en France et l’EP Loire, est confiée dans le cadre d’un marché public au Conservatoire National du Saumon Sauvage (CNSS), propriétaire de la salmoniculture située à Chanteuges.

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